1328 년 어느 날 밤, 에드워드 3 세는 측근을 이끌고 그의 어머니와 그녀의 연인에 대한 기습 공격을 개시했다. 격렬한 전투 끝에 그는 모티머를 체포하고 그의 어머니를 구금했다. 이자벨라 여왕은 절망적으로 아들에게 애인의 생명을 구해 달라고 간청했지만, 모티머는 반역죄로 참수되었다.
에드워드 3 세가 즉위한 후 영법 백년 전쟁이 시작되었다.
앨리슨 윌의 전기에 따르면, 에드워드 3 세의 선전에서 이사벨라는 항상 에드워드 2 세의 재난 강령과 모티머 과격 행위의 피해자로 묘사되었다. 그리고 에드 2 세가 은거했을 가능성이 높다. 따라서 에드워드 3 세가 아버지의 참사를 목격한 것은 순전히 오전이다. 에드워드 2 세가 실제로 살해된 경우에도 에드워드 3 세는 당시 왕위에 오르지 않고 에드워드 2 세를 감금한 버클리 성 130 마일 떨어진 링컨에서 어머니를 따라다녔다. 이사벨라 여왕조차도 남편의 죽음을 알 수 없었고, 에드워드 3 세도 그의 아버지의 참사를 볼 수 없었다. 그에 더해, 에드워드 3 세가 독일을 방문하는 동안 윌리엄 러 갈리스라는 사람을 비밀리에 만났다는 증거가 많이 있습니다. 하찮게 보이는 사람에게 에드워드 3 세는 그를 접견했을 뿐만 아니라 긴 이야기도 했다. 앨리슨의 고증에 따르면, 이 사람은 아마 에드워드 2 세일 것이다. 물론,' 가능성이 매우 높다' 는 것이 반드시' 필연적' 을 의미하는 것은 아니지만, 그렇지 않더라도 에드워드 3 세는' 에드워드 2 세의 참사를 목격할 수 없다' 고 할 수 없다. 에드워드 3 세는 쿠데타에서 모티머를 체포하여 처형한 후 이자벨라에게 어떠한 과도한 처벌도 가하지 않았다. 이자벨라는 단지 정치적 결정에 참여할 권리를 잃었을 뿐, 왕의 생모가 누려야 할 모든 대우를 잃지 않았다. 에드워드 3 세는 그녀에게 안식처가 되었을 뿐만 아니라 돈과 생활용품도 많이 주었고, 정기적으로 새로운 장난감 (체스 게임) 도 선물했다. 새로 도입된 음식과 음료가 있으면 나도 엄마에게 한 부 줄 것이다. 에드워드 3 세는 일 년에 두세 번, 때로는 혼자, 때로는 하이노의 필리파 왕비와 함께 어머니의 숙소로 간다. 흑왕자 에드워드가 태어난 후, 부부는 어린 왕자를 데리고 이사벨라 여왕을 찾아갔다. 게다가 이자벨라 여왕도 궁정에서 완전히 추방되지 않았다. 크리스마스 등 대형 명절마다 런던으로 돌아와 아들의 가족들과 재회하며 각종 의식과 행사에 참가한다. 100 년 전쟁 중에도 에드워드 3 세는 프랑스와의 관계를 다룰 때 어머니의 의견을 한 번 이상 구했으며 여전히 그녀의 정치적 지혜에 의지하고 있다. 따라서 에드워드 3 세의 어머니에 대한 동정은 그의 증오보다 더 컸다.
나중에 이사벨라는 풍성한 연금을 받아 부유한 생활을 유지하고 잉글랜드를 두루 여행할 수 있었다. 1348 과 1358 년에 이자벨라는 각각 프랑스와 나바라와의 평화회담에 참가했다. 1358 년 8 월 22 일 이자벨라는 런던에 묻혀 에드워드 2 세의 마음과 합장했다. 그녀는 악성성을 포함한 대량의 재산을 가장 총애하는 손자 에드워드 블레이크 왕자에게 물려주고, 일부 개인 물품을 딸 조앤에게 물려주었다.
헨리 8 세는 영국 역사상 실제로 국왕이 여왕을 처형하기 시작한 최초의 사람이다.